La mayor parte de la deuda que mantiene la Junta con los ayuntamientos andaluces de capital de provincia corresponde a impagos, algunos de los cuales se remontan a décadas atrás, del Impuesto de Bienes Inmuebles (IBI) de las sedes de las consejerías, delegaciones y organismos dependientes. Según datos facilitados por los ayuntamientos de las ocho capitales, la Junta les debe 41,9 millones de euros en concepto de IBI, más de la mitad de los 77,6 millones de euros que les adeuda en total, principalmente por impagos fiscales. Este tributo que no paga la Junta, sí los abonan, en cambio, el resto de ciudadanos, al igual que otras tasas municipales como las licencias urbanísticas o de primera ocupación y el impuesto de vehículos de tracción mecánica.